ツアーにするか、個人手配にするかですが、大きく分けて以下の3つのタイプで分かれると思います。
■下調べする時間が無く、限られた時間の中でペルーを満喫したい「夏休み旅行」型
日本からのパッケージツアーで安心を買ったほうがいいでしょう。飛行機とツアーの会社を別々にするとやりとりも別々になるので手間が掛かります。また、雨季では土砂崩れなどで列車が1日動かないなどのトラブルも年に数回あります。パッケージツアーの場合、飛行機の延期などの手配も一括で行ってくれますので、現地での時間を十分に取れない方はパッケージツアーを選択しましょう。
■ツアーに含まれていないどうしても行きたい都市がある「自由旅行」型
飛行機は日本で予約して、現地の旅行代理店に交通、ホテルの手配等をお願いしましょう。ペルーには日本人が経営しえいる旅行代理店が多く、飛行機の日程と行きたい都市を言えば適切なプランを組み立ててくれます。ただし、プランによっては日本からのパッケージツアーよりも高くなることもありますので注意してください。
■時間はたっぷりあるけどお金が無い「バックパッカー」型
英語のサイトになりますが、インターネットにて、ホテル、ペルー国内線、マチュピチュ行きの列車の予約をしてから行くことをお勧めします。特にマチュピチュ行きの列車についてはハイシーズンには3,4日予約が一杯で乗れないなんてことも多々あります。マチュピチュへは電車でしかいけないので列車の予約はしておいた方がいいと思います。チケットは「ペルーレイル」のサイトで予約できます。長距離バスについては各都市頻繁に出ており、バスターミナルに行けばその場でチケットも買える為、予約の必要は無いと思います。